Salle principale des experts et là où ils assistent à la plupart de leurs cours, le laboratoire accueille cependant toutes les classes car les orphelins se doivent d'acquérir une connaissance aiguë de la chimie et la physique. C'est également ici qu'on leur apprend à analyser les détails d'une scène de crime, dater des objets et savoir si cette tâche est une tâche de sang ou de ketchup. Adapté à un large panel de sciences diverses et variées qui vont de la médecine, aux neurosciences à la virologie c'est un lieu de découverte ludique et d'expérimentation incroyable pour les scientifiques en herbe. Le laboratoire est un endroit où les orphelins se doivent d'être sérieux ! Ici le port de blouse, de lunettes de protection, de gants et parfois même de masque est obligatoire.

Richement décorée, la salle de musique et d'Arts est divisée entre le coin réservé à l'apprentissage de la musique et celui pour les arts plastiques. Un large choix d'instruments de musique est proposé aux élèves ainsi qu'un panel de styles musicaux à étudier et apprendre. Les cours sont parfois dispensés individuellement ou bien en groupe et la Wammy's a vu naître plusieurs "groupes" d'orphelins souhaitant pousser l'apprentissage jusqu'à la composition de chansons. Des cours de chant ainsi qu'une chorale sont proposés aux élèves souhaitant perfectionner leur brin de voix. La deuxième partie est consacrée au dessin, à la sculpture, à la peinture et autres disciplines artistiques qui sauraient y trouver leurs places. Cours de modèle vivant, de nature morte, des cours académiques, d'autres plus expérimentaux, l'étude des anciens et des arts modernes, tout y passe. Les Alters sont les principaux occupants de cette salle, portés sur la créativité et la sensibilité du monde.

Les élèves sont répartis par tranche d'âge, la Wammy's House n'accueillant qu'une centaine d'orphelins a préféré constituer trois grandes classes : Primaire, Collège et Lycée. Le programme est modifié pour coller à chaque âge et profil et il arrive souvent qu'un seul quart de la classe, ou la moitié suive un cours tandis que les autres auront d'autres activités. Les orphelins sont libres de décorer leur salle ainsi que leurs bureaux et possèdent également des casiers individuels.

Ici, on ne juge pas les fraudeurs du réfectoire ou les délinquants en herbe – c'est un petit tribunal confortable et pourtant très professionnel. Les murs recouverts d'élégants panneaux de chêne portent à merveille les plaidoiries des Words. Leur âme s'exprime dans cette miniature de cour où leur intelligence est sollicitée pour essayer d'atteindre la perfection du discours. Les arguments qui fusent livrent une bataille sans merci sous les yeux de leur professeur et habillent leur voix d'une prestance inouïe.

Domaine du professeur principal des Shapes, sur la survie en milieu hostile, la caserne militaire est un décor authentique et ludique pour apprendre aux orphelins à agir sur le terrain. Un vidéo projecteur dans un coin, des plans, cartes, instruments d'analyse géographique, boussole, équipements, parachutes, gadgets électroniques, maquettes, tentes, tout est là pour appendre la vie à la dure et survivre aussi bien dans un désert qu'en Antarctique. Un ring de boxe a également été placé là pour apprendre aux orphelins l'auto-défense mais également comme par exemple désarmer un ennemi. Ici on étudie en uniforme militaire et on dit "CHEF" pour poser une question.